V roce 1552 král Maxmilián zastavil panství Točník Janu staršímu z Lobkovic. Císař Rudolf II. roku 1594 tento majetek Lobkovicům odebral a od tohoto roku se Chodouň jako součást točnického panství stala na tři století majetkem české komory.

Hospodářsky bylo panství spojeno se sousedními komorními panstvími Králův Dvůr a Zbiroh a spra­vovalo se ze zbirožského zámku.

V roce 2001 oslavila obec 730 let svého trvání. Při té příležitosti byly představeny nové symboly obce (znak a prapor).