V oblasti, jejíž osou je Loděnický potok, ale žili lidé již ve středním paleolitu (stáří nálezů, dokumentujících tuto skutečnost je cca 150.000 let). Provedené výzkumy a bohaté archeologické nálezy dosvědčují, že se v této lokalitě nacházelo neolitické sídliště.

Při stavbě dálnice byly v katastru obce v lokalitě zvané V Hlubokém objeveny pozůstatky keltského sídliště. Základy několika zahloubených chat obsahovaly zlomky keramiky, pazourkové a kostěné nástroje a zvířecí kosti jako zbytky potravy. V 1. a 2. století našeho letopočtu existovala v místě dnešní Jánské železářská osada zpracovávající železnou rudu.

Významná jsou i paleontologická naleziště lokalizovaná v loděnickém katastru. Nejvýznamnější z nich jsou chráněná naleziště Špičatý vrch a Barrandovy jámy, která jsou součástí Chráněné krajinné oblasti Český kras. Prvním písemným údajem o existenci osady s názvem Loděnice je soupis obcí na levém břehu Berounky z roku 1088, který je součástí vymezování tehdejších hranic župy Tetínské.

Dobu vzniku názvu Loděnice nelze přesně určit Odvození názvu od určité konkrétní činnosti, například od výroby lodí, není spolehlivě doloženo.

Prvním věrohodným písemným dokladem o obci je záznam milevského opata Jarlocha, popisující bitvu o český trůn mezi Přemyslovci Soběslavem II. a Bedřichem, která se odehrála 23. ledna 1179 „u místa a říčky Loděnice“ (ad locum et rivulem qui dicitur Lodenitze). Tento doklad je autentický proto, že konkrétní historickou událost popisuje její přímý účastník. Opatem Jarlochem podrobně popisované bojiště za Loděnicí ve směru na Prahu odedávna nese název Hluboký důl.

Nelítostná bitva, která se tu odehrála (Soběslav Bedřicha s převahou porazil), a ve které padlo za oběť několik set bojovníků Bedřichova vojska, však spor o trůn nevyřešila. Pouhé čtyři dny nato, dne 27. ledna 1179 došlo totiž poblíž Prahy v místě, kterému se dodnes říká Na Bojišti k rozhodné bitvě obou soupeřů o český trůn se zcela opačným výsledkem. Bedřich za vydatné pomoci znojemského knížete Konráda Oty tu rozhodným způsobem svého konkurenta v boji o trůn porazil.a Soběslavovo vítězství u Loděnice tak ztratilo smysl a krev prolitá v Hlubokém dole se ukázala být prolitou zbytečně.

Jen ten časový údaj – datum bitvy u Loděnice zaznamenaný soudobým kronikářem a potvrzený historiky se pro obec ukázal být datem významným a rozhodným. Dokládá totiž nepochybnou existenci Loděnice už ve dvanáctém století. Datum 23. ledna 1179 však v žádném případě není údajem, který by určoval nějakou hranici nebo počátek něčeho, ale dokládá fakt, že ten den už tu byla životem kypící osada s názvem Loděnice. Z toho logicky vyplývá, že existovala už dávno před tímto datem a že její vznik je nutno hledat hluboko v dávnověku – nejspíše už v počátcích osidlování české kotliny.